「公害をなくする県民会議医師団」は、熊本水俣病第一次訴訟（1969年6月提訴）を支援することを目的として、1971年1月17日、民間の医師、熊本大学神経精神科医師などで結成された。結成当時、団長は上妻四郎（上妻病院）、事務局長は藤野糺（水俣協立病院）であった。
設立以降、1995年の水俣病の政治解決までに1万名を超える八代海沿岸汚染地域の住民検診をおこない、2004年10月の最高裁判決以降は、3500名以上の検診をおこなってきた。一連の水俣病裁判において、原告側の診断書作成などに関わり、現在は、ノーモア・ミナマタ国賠訴訟の原告の診断書作成などをおこなっている。
汚染地域の住民検診だけでなく、桂島検診をはじめとした医学調査・研究により、水俣病の真の病像を確立する上で重要な貢献をしてきた。
2006年から、団長が藤野糺（桜が丘病院）、事務局長が高岡滋（神経内科リハビリテーション協立クリニック）となった。現在、団員は約10名。